在世界尽头咏唱恋曲的少女YU-NO

主人公·有馬拓也幼年喪母，身為歷史學者的父親也在两個月前因事故去世在各個方面都失去了活力的高中最後的暑假。某天，他收到了裝有镶嵌着用途不明的圆镜和玻璃珠的奇妙物體的小包裹。壹起送來的信中有着令人想到父親還活着的内容……？！“今晚10點，帶着這個東西到剑之岬（三角山）來。”他按照指示前往那個地點，却发现神秘的女性倒在那裏。而且，那裏還有學園長和神秘转學生的身影。壹瞬间，随着大地的轰鸣，他被光所包围……。前往并列世界的旅程，由此開始了。